“ Ce musée ne sera ouvert au public qu'en 1777. Cependant, on peut admettre qu'il a été fondé le 1er janvier 1772…
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Les curiosités rassemblées au XVIIe siècle par deux frères, Gaspard de Liergues et Balthasar de Monconys sont à l'origine du Musée. Au XVIIIe siècle, Jérôme-Jean Pestalozzi, médecin à l'Hôtel-Dieu, acquiert la collection et l'enrichit avant de la transmettre à son fils, Antoine-Joseph qui la cèdera à la Ville de Lyon moyennant une rente viagère. Alors, confiée à la garde de l'Académie des Sciences, des Belles Lettres et des Arts de Lyon, elle rejoint la bibliothèque, le médailler et la collection d'histoire naturelle de Pierre Adamoli dans un pavillon de l'Hôtel de Ville. Ce musée ne sera ouvert au public qu'en 1777. Cependant, on peut admettre qu'il a été fondé le 1er janvier 1772, date à laquelle les collections Monconys-Pestalozzi ont été ajoutées aux collections et aux six milles livres d'Adamoli.
C'est à partir de 1793 que les collections du musée quittent la mairie pour le couvent des Dames-de-Saint-Pierre où elles restent à l'abandon, soumises au pillage de la tourmente révolutionnaire. Pendant des décennies, elles seront ballottées entre les Terreaux (Saint-Pierre) et la Croix-Rousse (La Déserte), subissant plus de destructions que d'accroissements.
De 1830 à 1909, dirigé successivement par Claude Jourdan et Louis Lortet, le Muséum connaît un développement considérable accumulant un patrimoine exceptionnel qui a fait son renom d'aujourd'hui. Le Muséum et le musée des Beaux-Arts déploient leurs salles à l'intérieur du Palais St Pierre qui rapidement ne suffit plus. La cohabitation devient difficile et un premier projet de transfert du Muséum au parc de la Tête d'Or avortera.
En 1876, Émile Guimet, industriel lyonnais et fils de Jean-Baptiste Guimet, inventeur du bleu outremer, se vit confier une mission en Orient pour l'étude des religions par le ministre de l'instruction publique. À son retour, en 1879 il fit don à la ville de Lyon d'un musée des religions construit autour de ses acquisitions.
Le bâtiment situé 28, boulevard des Belges à Lyon fut dessiné par l'architecte Chatron, dans le style néoclassique du XIXème siècle. La faible fréquentation du musée, délaissé des institutions et des savants, décida Guimet à mettre en vente l'édifice. Il fit transférer ses collections à Paris dans un nouveau musée qui prit son nom.
Le musée lyonnais subit d'importantes transformations architecturales et devint restaurant brasserie, salles de sport et de musique. On y adjoint un théâtre puis une grande patinoire, le Palais de Glace.
C'est en 1913, qu'il retrouva sa fonction initiale en accueillant un musée des religions et le Muséum d'Histoire Naturelle qui cohabitait - jusqu'à cette date avec celui des Beaux-Arts dans le palais Saint-Pierre, place des Terreaux à Lyon. L'établissement rassembla des collections d'objets de la préhistoire à nos jours, provenant du Musée Guimet sous tutelle du Musée d'Art et se rapportant à de nombreuses civilisations du monde, auxquelles s'ajouta l'univers des sciences naturelles autour des grands mammifères, des insectes, des minéraux et des animaux fossiles.
En 1991, l'exploitation du musée Guimet fut confiée au Conseil général du Rhône et devint Muséum d'Histoire Naturelle. Les activités se multiplièrent, notamment des expositions temporaires et itinérantes sur des sujets très divers, le café, les dinosaures, les parfums, les bijoux de Jean Vendôme, le Mali…
Le Muséum dispose d'exceptionnelles collections : des collections ethnographiques d'Amérique, d'Afrique, d'Océanie, des Sciences de la Vie et des Sciences de la Terre. Plusieurs générations de visiteurs ont entretenu en deux siècles des relations affectives avec le Muséum. Mais celui-ci doit s'ouvrir à de plus larges publics.
Les conditions de conservation, de recherche ont aussi évolué, et les expositions, face à un public de plus en plus exigeant et nombreux, ont rendu nécessaire la redéfinition du projet culturel et scientifique de l'institution.
Depuis fin 1999, Le Département du Rhône, dans son action en faveur du développement de la culture est à l'origine d'un vaste projet de redéploiement confié à Michel Côté, le directeur de l'institution, venu du Québec.
Les collections du Muséum seront redéployées en deux lieux avec des vocations complémentaires, dans une volonté de développement et de mise en valeur de ce patrimoine, le Centre de Conservation et d'Étude des Collections et le Musée des Confluences.
Les dernières expositions présentées au Muséum préfiguraient le futur Musée des Confluences. Au travers de ses collections ethnologiques, il présentait des expositions dont les thématiques permettaient aux visiteurs d'appréhender différents regards pour interroger nos Sociétés dans leurs dimensions environnementales, techniques, historiques, esthétiques et contemporaines.
Le Musée est un lieu de connaissance et de partage de savoir et il est naturel qu'il inscrive à sa programmation des sujets d'actualité et tente d'apporter des réponses aux interrogations des citoyens.